碳捕捉必須克服的困難是令人畏縮的，它要求國際合作、創新、巨額投資項目和公眾接受。所有這些都要通力配合才能敵過全球變暖的步伐。

首先，在化石燃料和能源生產的過程中捕捉二氧化碳所需的費用是極其昂貴的。

第二，埋藏地點必須經過檢驗。在那兒，二氧化碳不能泄漏，必須修建包括油輪和管道在內的設施來運輸二氧化碳到這些地點。

第三，由于成本原因，還沒有各類環保公司有意向在（碳捕捉）CCS技術上進行投資，美國麻省理工學院的一項研究提出碳捕捉（CSS）處理二氧化碳的成本約30美元（19歐元）每噸。這就要求要么提高碳稅抵消排放成本，采取碳排放限定及交易許可來取得稅金，或者直接采用大量的政府補貼。專家說，面臨著市場不斷地全球化，一個使二氧化碳排放付出代價的綠色國際協議很有必要。有排放成本才會促使一些企業改進生產，減少污染。

第四，對于在陸地而不是海上存儲，公眾可能會有反對意見，因為地震或者其他地質事件有可能將巨大的溫室氣體重新發散到大氣中。

作為天然氣精煉以及氨、氫工廠工業過程的一部分，在能源生產中分離出了二氧化碳已經基本成功，所以碳捕捉已經完成，下一個目標就是尋找合適的埋藏地點了。